Gdy Holendrzy kolonizowali wyspy dzisiejszej Indonezji, potrzebowali przyczółka w drodze do tak odległego regionu świata. Założyli więc na samym południu Afryki osadę Kapsztad, która miała być tylko miejscem przestoju w dalekiej podróży po cenne surowce. Jednak kolonia rozrastała się, aż przekształciła w miasto. Powstały winnice, tereny uprawne i domy dla osadników. Holendrzy rozpoczęli sprowadzanie z dalekiej Azji przypraw, co zbiegło się w czasie z trudnieniem niewolników malajskich, którzy mieli zajmować się domostwami swoich panów. Nowi przybysze i nowe przyprawy ze Wschodu, w połączeniu z zachodnimi tradycjami, stworzyły nową kuchnię. Tak powstało Bobotie.
Gdy w 1806 roku Brytyjczycy przejęli kontrolę na południowymi wybrzeżami dzisiejszego RPA, nowo ukształtowana kuchnia zaczęła być stopniowo wypierana. Gotowana była w bocznych uliczkach przez potomków niewolników, ale nie istniała w oficjalnym menu, co było związane z polityką segregacji rasowej. Dopiero zniesienie apartheidu, pozwoliło na rozkwit tego tradycyjnego dania i powrót na szczyt południowoafrykańskich specjałów.
Bobotie nazywane jest czasami południowoafrykańską moussaką, lecz od swojej greckiej odpowiedniczki różni się stopniem pikantności. Tradycyjnie Bobotie przyrządzane było z mięsa wieprzowego i baraniego, które przyprawiano imbirem, majerankiem i skórką cytryny. Pojawienie się curry uprościło przepis, lecz pierwotne założenia pozostały niezmienne. Tradycja przygotowania potrawy zalecała dodawać suszone owoce i orzechy, co stosuje się do dziś. Współcześnie Bobotie przygotowuje się z wołowiny i jagnięciny.
